クーゲル船団との戦闘から半年。圧政から解放された船団はガルガンティア船団に合流し、新たな人々が船団メンバーとして暮らし始めていた。レドは、サルベージの仕事をしながら、旧文明と人類の歴史について探求する日々を過ごしていた。一方、エイミーのもとでは新人のメッセンジャー、リーマが働き始めていた。リーマは元クーゲル船団の一員。船団解体後、ガルガンティアに合流して新たな生活を始めていた。
鴨川で、まどか、ラン、ムギナミが別れて数ヵ月後。レ・ガリテの王女に戻ったランは、兄のディセルマインが進める秘密の実験に参加していた。その実験施設を襲うのは、デ・メトリオのオービッド部隊！ その中には、ムギナミの乗るウォクス・イグニスの姿もあった……。
2046年、ニューロリンカーと呼ばれる携帯端末を用いることで生活の多くが仮想ネットワーク上で行われるようになった時代。だが、どんなに時代が進んでも「いじめられっ子」はなくならない。ハルユキもそんなスクールカーストの最底辺に位置する一人。ローカルネットの片隅で、ひたすらにスカッシュゲームに打ち込むだけの暗く陰鬱な日々を過ごしていたが、ある日突然、校内一の有名人・黒雪姫に声をかけられる。「もっと先へーー《加速》したくはないか、少年」
省エネを信条とする高校一年生・折木奉太郎は、ひょんなことから廃部寸前のクラブ・古典部に入部することに。古典部で出会った好奇心旺盛な千反田える、中学からの腐れ縁・伊原摩耶花と福部里志。彼ら4人が神山高校を舞台に、数々の事件を推理していく。
野矢一樹は海老栖川高校に入学した新入生。彼は入学早々天文部への入部を希望し部室を探すが、なぜか部室は地下にあった。そこに足を踏み入れた彼を待っていたものは、天文部とは名ばかりの天悶部というオタクだらけの女子の集団であった……。
都内の大学で出会った男に恋をした花。男が"おおかみおとこ"だとわかってからもその気持ちは変わることなく、2人はやがて結ばれ、雪の日に生まれた『雪』と雨に日に生まれた『雨』の"おおかみこども"の2児をもうける。貧しくも幸せな生活を送っていた4人だが、父である"おおかみおとこ"の突然の死によってそれは奪われてしまう。打ちひしがれながらも前を向き『ちゃんと育てる』と笑顔の決意を見せる花。雪と雨の2人が『人間か、おおかみか』どちらとしても生きられるようにと引越しを決意する。
フロイライン・オイレ島。その孤島には、あるカルト教団が住みつく。ルパン三世は教祖フラフラ様が隠し持つ秘宝「フラフラの灰」を狙い、島に侵入してい た。そこでルパンは美しくも危険な女と出会う。その女の名は峰不二子...。フラフラ様の花嫁として近づき、同じく秘宝を狙っている謎多き女怪盗だ。お宝 を巡り峰不二子とルパン三世の危なすぎる戦いが今、幕を開ける!
どこかの宇宙にある海明星（うみのあけほし）に住む高校1年生の加藤茉莉香。学校ではヨット部、放課後は喫茶店・ランプ館でアルバイト、というホントに普通の高校生。ところがある日、茉莉香の前に怪しげな2人が姿を表す。彼らは宇宙海賊船・弁天丸の乗組員と名乗り、船長が死んだためにその跡を娘である茉莉香に継いでもらおうとやってきたのだった……。
普通の高校2年生・椿明のクラスに謎めいた美少女・卜部美琴が転校してきた。ある日ふとしたきっかけで卜部の机に残っていた「よだれ」をなめた椿は、見知らぬ街で卜部と踊る夢を見る。その後、原因不明の風邪で苦しむ椿のもとに、卜部が見舞いにやってきた。卜部が自分のよだれを椿になめさせた途端、体調は瞬く間に回復。驚く椿に卜部は彼が「恋の病」にかかっていると告げる……
東京から転校生してきた小学生の原村和は、同級生の高鴨穏乃と新子憧に誘われて赤土晴絵が開く麻雀教室に通うようになる。クラブでは年上の松実玄とも知り合い、楽しい日々が続いていた。だが、晴絵が実業団からスカウトを受け、麻雀教室は終わりを迎えることに。さらに中学へ進学したあとで和の転校が決まってしまい、かつての仲間が集まることは無くなってしまった。そんな中学３年の夏休みに穏乃がテレビをつけると衝撃が奔る。そこには全国中学生麻雀大会の優勝者として和が写っていた……！
父親のもとを離れ、叔父のいる九州の高校へと転入した西見薫。しかし転入初日、慣れない環境と周囲からの好奇の視線に耐えられず、薫は激しい吐き気を催し てしまう。教室を飛び出し、あわてて学校の屋上へと向かう薫。しかしそこで彼を待っていたのは、川渕千太郎との出会いだった。
素直になれないツンネコ娘・つみきと乙女心には鈍感な朴念仁・伊御。いつもつかず離れずイイ感じなふたりだけど……この恋はまだまだ始まらない！？友達以上恋人未満なふたりのぶきっちょラブコメディー。
ゾンビをこよなく愛する高校1年生・降谷千紘は、ひょんなことから清楚可憐なお嬢様・散華礼弥（さんかれあ）と知り合い、一緒に愛猫「ばーぶ」の蘇生に取り組むことに。でも礼弥が発したひと言「私がゾンビになったら……責任とってくれるってことですね？」がまさか実現するなんて……？
世界の敵でもあり、味方でもあるという矛盾をはらむ職業・武器商人――。世界的な海運王を父に持ち、HCLIヨーロッパ・アフリカ兵器運搬部門に所属し、世界の紛争地帯で"世界平和のために武器を売る"ココ・ヘクマティアルは、両親を奪った"武器"を憎みながらも銃を持って戦場でしか生きられない寡黙な元少年兵ヨナを自らの私兵部隊に引き入れる。
度重なる増築により迷路のように入り組んだ私立誠教学園。中等部一年の新谷貞一（にいやていいち）はある日、旧校舎で迷い偶然たどりついた部屋で、不思議な雰囲気を纏う少女・庚夕子（かのえゆうこ）と出会う。彼女は自分を“旧校舎の幽霊”だと言う。自分の過去を思い出せない夕子の為、貞一と夕子は「怪異調査部」を立ち上げ、この学園で語り継がれる数々の怪異を解き明かしていく。
奇跡を叶える『聖杯』の力を追い求め、七人の魔術師が七人の英霊を召喚し、最後の一人になるまで戦いを繰り広げる究極の決闘劇……聖杯戦争。その聖杯戦争の開幕に先駆けて、各地で参加者たちが選定が始まった。８年前。ドイツにあるアインツベルン家の居城で、ひとりの女子の産声があがった。イリヤスフィールと名付けられた娘を抱く父親・衛宮切嗣もその一人であった。
