2046年、ニューロリンカーと呼ばれる携帯端末を用いることで生活の多くが仮想ネットワーク上で行われるようになった時代。だが、どんなに時代が進んでも「いじめられっ子」はなくならない。ハルユキもそんなスクールカーストの最底辺に位置する一人。ローカルネットの片隅で、ひたすらにスカッシュゲームに打ち込むだけの暗く陰鬱な日々を過ごしていたが、ある日突然、校内一の有名人・黒雪姫に声をかけられる。「もっと先へーー《加速》したくはないか、少年」
省エネを信条とする高校一年生・折木奉太郎は、ひょんなことから廃部寸前のクラブ・古典部に入部することに。古典部で出会った好奇心旺盛な千反田える、中学からの腐れ縁・伊原摩耶花と福部里志。彼ら4人が神山高校を舞台に、数々の事件を推理していく。